Mối quan hệ chính xác giữa Amborella, Nymphaeales và Austrobaileyales vẫn chưa được giải quyết. Mặc dù phần lớn các nghiên cứu chỉ ra rằng Amborella và Nymphaeales là cơ sở hơn so với Austrobaileyales, và cả ba đều cơ sở hơn so với Mesangiospermae, nhưng đang tồn tại một lượng chứng cứ phân tử đáng kể hỗ trợ cho 2 cây phát sinh loài khác nhau, một trong đó thì Amborella là nhóm chị em với phần còn lại của thực vật hạt kín, và một trong đó thì nhánh Amborella và Nymphaeales nằm ở vị trí này[2]: